西暦1888年(明治二一年)

帝政ロシア・ソビエト連邦の生理学者イワン・ペトローヴィチ・パブロフが消化生理学研究を開始する。この研究は大いに実を結び、イワン・パブロフは、1904年にノーベル生理学・医学賞を受賞した。ノーベル賞授賞式では消化腺の話題よりも条件反射と無条件反射に関する演説を行った。(パブロフの犬)
明治天皇、枢密院設置。市町村制公布。
明宮嘉仁親王、熱海への保養が毎年の恒例になった。
明宮嘉仁親王、立太子を挙げる。他方学習院での学習は一向に進まず、乗馬などに進歩があった一方で、抽象的な思考を要する理数系の教科を苦手とした。
牧野富太郎「日本植物志図篇」第一巻第一集刊行
山葉寅楠が日本製オルガンの製造に成功
英国がサラワク王国、ブルネイ、北ボルネオを保護国化
李錦裳がオイスターソースの製法を発明


1月1日、日本標準時実施
1月27日、米国でナショナルジオグラフィック協会設立

3月9日、独帝ヴィルヘルム1世死去
3月11日、米国東海岸で大寒波(死者四百名)(Great Blizzard of 1888)
3月22日、英国でフットボールリーグ創設

4月11日、コンセルトヘボウ開場
4月13日、東京下谷黒門町で「可否茶館」開業(日本初のコーヒー店)
4月25日、市制・町村制公布(1889年4月施行)
4月30日、黑田清隆が第二代内閣総理大臣に就任
4月30日、枢密院設置(初代議長伊藤博文)
4月30日、「日本人」創刊(三宅雪嶺)
4月30日、勝海舟、枢密顧問官に任官。

5月7日、文部省が加藤弘之・箕作麟祥・池田謙斎・菊池大麓・古市公威ら25名に博士号を授与(日本初の博士号)
5月7日、エドゥアール・ラロ歌劇「イスの王様」初演(オペラ=コミック座)
5月13日、ブラジルで摂政イザベル皇女が奴隷制廃止法案に署名 (米大陸の奴隷制終焉)

6月4日、東京天文台設置(麻布)(東京大学天象台・海軍観象台・内務省地理局が統合)
6月5日、ラプラタ川流域で中地震(Rio de la Plata Earthquake 1888)
6月15日、独帝フリードリヒ3世死去,ヴィルヘルム2世即位,年に二回皇帝が代わったことから「三皇帝年」と言われる
6月23日、フレデリック・ダグラスが黒人として初めて米国大統領候補に指名される

7月4日、初の公式ロデオが米国アリゾナ州プレスコットで開催
7月10日、東京朝日新聞創刊(めさまし新聞改題)
7月15日、磐梯山が噴火。小磐梯山が爆発完全崩壊し、大規模な岩屑流で麓の秋元、細野、雄子沢の3村は全滅。死者461人。新聞の写真掲載が始まる。桧原湖、秋元湖が生じる。(日本火山総覧)

8月1日、海軍兵学校が江田島へ移転
8月7日、テオフィラス・カネル(Theophilus Van Kannel)が回転ドアの米国特許を取得

9月3日、英国ビクトリア女王が東アフリカ会社の勅許をウィリアム・マッキノン(Sir William Mackinnon)に与える
9月11日、高等師範学校附属学校に尋常中学科(現・筑波大学附属中学校・高等学校)が設置される
9月30日、切り裂きジャックによる殺人が目撃される

10月、勝海舟、正三位に昇叙し、枢密顧問官如元。
10月1日、東京火災保険(後の安田火災)開業
10月1日、小田原馬車鉄道(後の箱根登山鉄道)開業
10月1日、米ナショナルジオグラフィック創刊
10月9日、ワシントン記念塔一般開放
10月14日、皇城二重橋架替竣工
10月27日、明治宮殿落成し皇城を宮城と改称
10月29日、スエズ運河の自由航行に関する条約締結
10月30日、ジョン・ラウド(John J. Loud)がボールペンの米国特許を取得
10月31日、ジョン・ボイド・ダンロップが空気入タイヤの英国特許を取得(後に取消)

11月2日、咸宜帝が仏官憲に引渡される
11月6日、米国大統領選挙でベンジャミン・ハリソンが勝利
11月14日、パスツール研究所開所(設立1887年)
11月17日、チャイコフスキー交響曲第5番初演(サンクトペテルブルク)(露暦11月6日)
11月20日、大阪毎日新聞創刊(大阪日報改題)
11月26日、海軍大学校開校(築地)
11月30日、日墨修好通商条約締結

12月3日、香川県が愛媛県より独立
12月11日、東京美術学校が上野へ移転
12月23日、フィンセント・ファン・ゴッホが左耳たぶを切取る
12月28日、東京府高等女学校(後の東京府立第一高等女学校)設置